9 июля 2001 года на стройплощадке делового центра «Москва-Сити» на набережной Тараса Шевченко упал башенный кран. Два человека пострадали.
Ночью 19 августа 2006 года на территории «Москва-Сити» произошла массовая драка между строителями-таджиками. Один рабочий погиб, пятеро получили ранения. В пресс-службе столичной прокуратуры сообщили, что драка произошла на почве конкуренции — две группы таджиков не поделили рабочие места.
5 сентября 2008 года на территории «Москва-Сити» на Красногвардейской улице перевернулась и загорелась бетономешалка, в результате чего у нее взорвался бензобак. Пострадавших не было.
30 декабря 2008 года на строительстве аквапарка в «Москва-Сити» сорвался с 16-го этажа строящегося аквапарка и разбился насмерть рабочий из Киргизии.
3 октября 2009 года на восьмом этаже высотки «Санкт-Петербург» загорелся строительный мусор на площади 10 кв. м. Никто не пострадал. Пожарные быстро прибыли на место происшествия и потушили возгорание.
22 марта 2010 года около делового центра «Москва-Сити» сильный порыв ветра обрушил строительные леса на проезжавший по Третьему транспортному кольцу автомобиль. Никто не пострадал.
13 августа 2011 года из-за замыкания силового кабеля на первом этаже башни «Меркурий» произошел пожар. Площадь возгорания составила 3 кв. м. Пострадавших не было.